С первых дней образования Якутской АССР руководители республики М.К. Аммосов, П.А. Ойунский, И.Н. Барахов и С.М. Аржаков ставили вопрос об организации воздушной линии, которая соединила бы Якутск с транссибирской железнодорожной магистралью. Якутии был остро необходим прорыв транспортной изоляции от центров экономической и культурной цивилизации. Наряду с необходимостью установления регулярного воздушного сообщения с транссибирской магистралью руководство Якутии ставило задачу установления связи северных улусов с Якутском.

19 октября 1923 года Совет Труда и Обороны СССР утвердил трехлетний ориентировочный план открытия воздушных линий в стране, в том числе в Сибири и на Дальнем Востоке.

1925 — 1939гг

1925 год
8 октября — День зарождения авиации Якутии. Здесь впервые поднялся в небо самолет «Сопвич», пилотируемый летчиком П. М. Фадеевым. Самолет, взлетев с пристани «Даркылах», совершил посадку на «Зеленом лугу».

1928 год
29 августа была официально открыта воздушная линия Иркутск-Якутск (Якутская гидролиния гражданской авиации), первая в СССР регулярная линия, проходящая над районами Сибири, Дальнего Востока и Крайнего Севера.

1929 год
В июне была организована экспедиция по изысканию сухопутных аэродромов и посадочных площадок для перевода линии Иркутск – Якутск на сухопутную линию.

1930 год
18 июля были закончены геодезические работы Алданской экспедиции по разбивке Якутского аэродрома. В этот же день на заседании представителей ведомств под председательством НКФ Иванова рассматривался вопрос о постройке аэродрома в Якутске для сухопутной линии Рухлово (ныне Сковородино) – Незаметный.

1931 год
Началось строительство Якутского аэропорта. Достигнуто небывалое сокращение продолжительности рейсов. Время нахождения самолетов в пути в благоприятные по погоде месяцы составляло 24 часа. 

1932 год
Постановлением СНК СССР № 209 от 25 февраля 1932 года регулирование гражданской авиации СССР возложено на Главное управление ГВФ. Линейные и узловые аэростанции стали называться аэропортами.

1933 год
Выполнен первый исследовательский полет по трассе «Якутск – Оймякон – Якутск».

1934 год
Начальником Якутского аэропорта был назначен П. И. Баринов.

1935 год
В августе закончено строительство постоянного Якутского аэродрома размером 450х500 м на месте существующего ныне. Построен ангар на 2 самолета, тепляк для разогрева мотора и водомаслогрейка. Были открыты регулярные рейсы между Якутском и Алданскими приисками. Были оборудованы площадки в Намском, Таттинском, Чурапчинском, Амгинском районах, гидропорты в Сангарах, Чурапче, соединяющиеся воздушными линиями с Якутском.

1936 год
Изыскательским перелетом Якутск – Сангары – Вилюйск открыта связь с группой вилюйских районов.

1937 год
Начальником аэропорта г. Якутска был назначен Александр Евстафьевич Медынский. Открыты новые авиалинии Якутск – Верхоянск - Казачье - Тикси, Якутск – Нюрба.

1938 год
В начале года закончено строительство авиагородка (сегодня это район Авиагруппы). Приказом № 8 от 13 сентября 1938 года временно исполняющим обязанности начальника аэропорта назначен В. В. Протодьяконов.

1939 год
21 января начальником аэропорта назначен Александр Кузьмич Иванов.

1940 — 1949 гг

1940 год
Вступил в эксплуатацию аэровокзал, с оборудованными комнатами для пассажиров, буфетом, метеостанцией и помещением для обслуживающего персонала. С 12 августа начальником Якутского аэропорта назначен П. И. Баринов. 

1941 год
19 сентября начальником аэропорта назначен инженер, капитан Всеволод Иванович Попов. 10 октября состоялось совещание комиссии по выбору площадки под строительство Якутского комплексного сухопутного и гидроаэропорта для Якутской авиагруппы(ЯАГ), ГВФ и других организаций.

1942 год
Закончено строительство радиостанции, здания технических служб, пеленгатора и штаба. Запланировано строительство столовой и радиомастерской.

1943 год
В Якутском аэропорту для подогрева авиадвигателей в зимних условиях разработаны и построены два типа подогревателей, работающих на твердом топливе. 

1944 год
В Якутском аэропорту начала сооружаться взлетно-посадочная полоса с искусственным покрытием.

1945 год
Введено постоянно действующее расписание рейсовых самолетов (зимний и летний варианты) по направлениям Якутск — Москва, Якутск — Красноярск — Уэлькаль, Якутск — Магадан, Якутск — Иркутск.

1946 год
8 мая был принят в эксплуатацию деревянный аэровокзал с гостиницей, рестораном, отделом перевозок, КДП и радиобюро. 28 августа принята в эксплуатацию битумированная взлетно-посадочная полоса. Начальником аэропорта становится полковник Храмцов.

1947 год
Аэропорт подготовлен к ночным полетам самолетов По-2.

1948 год
В полете стали подавать бутерброды, кондитерские изделия, фруктовую воду, чай и кофе.

1949 год
Аэропорт связывается с 19 действующими аэропортами республики.

1950 — 1979 гг

1950 год
На аэродроме приземлились первые самолеты Ан-2, полученные на Киевском авиазаводе.

1951 год
Начались регулярные полеты из Иркутска на самолетах Ил-12.

1952 год
Проведены испытания самолета Ил-14 в условиях низких температур.

1955 год
В Якутск поступил в эксплуатацию вертолет Ми-4.

1956 год
Началось освоение самолетов Ил-14. В аэропорту установлен и пущен в эксплуатацию обзорный локатор «Ромашка». Открыто регулярное движение самолетов между Якутском и Мирным.

1957 год
Сданы в эксплуатацию дальняя и ближняя приводные радиостанции с магнитным курсом (МК) 228о, а также радиолокационная система посадки РСП-4М «Глобус».

1959 год
Впервые произвел посадку самолет Ил-18.

1961 год
На воздушную линию Иркутск — Якутск вышел самолет Ан-10.

1962 год
Радиолокационная система посадки перенесена на новую взлетно-посадочную полосу, задействован диспетчерский радиолокатор ОДРЛ. Начались регулярные полеты лайнеров Ил-18 по маршруту Москва — Свердловск — Красноярск — Якутск.

1963 год
Открылся новый комфортабельный аэровокзал, рассчитанный на обслуживание 500 пассажиров в час.

1964 год
В аэропорту Якутск построена гостиница на 150 мест.

1965 год
На постоянное базирование прибыл турбовинтовой самолет Ан-24. Закончено строительство и пущена в эксплуатацию радиотехническая система ближней навигации РСБН-2 «Свод». Введен в эксплуатацию полуавтоматический радиопеленгатор «Лена».

1966 год
Началась эксплуатация самолета Ан-12.

1969 год
Испытания в условиях низких температур самолета Ту-134.

1970 год
Введена в эксплуатацию автоматическая телефонная станция (АТС-54) на 1 400 номеров. В аэропорту введена в строй система посадки СП-50М. Проведены технические испытания самолета Як-40.

1972 год
В Якутск прибыл первый Ан-26.

1973 год
Введена в эксплуатацию радиолокационная система ближней навигации РСБН-4. 21 декабря приземлился реактивный лайнер Ту-154. Самолет преодолел расстояние от Москвы до Якутска за 7 часов 03 минуты, исключая время стоянок в аэропортах Омска и Братска.

1974 год
Построен ангар для технического обслуживания самолетов.

1976 год
Прибыл грузовой самолет Ил-76 для выполнения испытательных полетов в условиях низких температур. 1 апреля открыто регулярное движение самолетов Ту-154 по маршруту Москва — Новосибирск — Якутск. Начато строительство цеха бортового питания.

1978 год
Начато строительство ИВПП-2 для приема самолета Ил-62.

1980 — 1996 гг

1980 год
В аэропорту Якутск совершил посадку аэробус Ил-86, выполнивший пробный рейс из Москвы. 25 декабря сдан в эксплуатацию цех бортпитания на 300 рационов в час.

1983 год
На базирование получено два самолета третьего поколения пассажирских реактивных лайнеров Ту-154. Начались регулярные полеты Ил-62 по маршруту Москва — Якутск, регулярные рейсы Ту-154 по маршруту Якутск — Хабаровск, Якутск — Иркутск.

1985 год
На Ту-154 начали выполняться регулярные рейсы по маршруту Якутск — Абакан — Свердловск — Ленинград. В эксплуатацию введено здание гостиницы «Лайнер» на 427 мест с рестораном на 160 мест.

1986 год
Разрешены посадки воздушных судов Ан-24, Ан-26, Як-40, Л-410 с МКП-233, что соответствует требованиям I категории ИКАО. Началась эксплуатация самолета Ил-76ТД. Введена в строй АТС «Квант» на 2 064 номера.

1991 год
Начались испытания дальнемагистрального лайнера Ил-96-300 в условиях низких температур. На базе Якутского ОАО созданы авиакомпания «Якутавиатранс» и аэропорт Якутск.

1992 год
Введен центр коммутации сообщений, заменившего ручное телеграфирование.

1993 год
Ликвидирован концерн «Якутавиа». Создано государственное унитарное предприятие «Национальная авиакомпания «Саха Авиа» с филиалами.

1994 год
Введена система посадки СП-80.

1995 год
Начались испытания Боинга-757 в условиях низких температур. 70-летие якутской авиации.

1996 год
Открылся новый международный аэровокзальный комплекс с пропускной способностью 700 пассажиров в час.

1997 — 2013

1997 год
Постановлением Правительства Республики Саха (Якутия) образовано государственное унитарное предприятие «Аэропорт Якутск». Генеральным директором назначен А.А. Илларионов.

1998 год
Запущен регулярный маршрут «Якутск — Шереметьево» на Аэробусе А-310.

1999 год
Проходит международный форум РАКГАТ-99, в рамках которого была проведена презентация аэропорта Якутск как запасного при выполнении циркумполярных полетов. Началась реконструкция покрытия второй искусственной взлетно-посадочной полосы (ИВПП-2).

2000 год
Начались испытания Ту-214 в условиях низких температур. Федеральные органы США совместно с группой зарубежных авиакомпаний признали аэропорт запасным при совершении кроссполярных полетов. Склад временного хранения таможенных грузов оснащен системой «Янтарь 1П» для обнаружения делящихся ядерных материалов.

2001 год
Начата работа по обновлению спецтехники для обслуживания воздушных судов. Пройдена сертификация аэропорта и основных служб предприятия.

2003 год
Завершена реконструкция ИВПП-2. В аэропорту произвел посадку самолет нового поколения Боинг 777-300ER. Проведены испытания самолетов Ил-96 и Аэробоус А340 на работоспособность в условиях низких температур. Создана кинологическая служба.

2004 год
Авиакомпании United Airlines, North West, Cathay Pacific, Continental Airways, CCA открыли регулярные пассажирские полеты по кроссполярным маршрутам. По транссибирским воздушным трассам, проходящим через южную часть Якутии, выполняют полеты более 10 авиакомпаний: FinnAir, ANA и JAL (Япония), Singapore Airlines, SpeedBird (Англия), Lufthansa, Аэрофлот, KLM, AirFrance и др. Состоялись испытания на работоспособность в условиях низких температур самолета-амфибии Бе-200 ЧС, предназначенного для спасательных операций и тушения крупных лесных пожаров, а также самолета Аэробус А319 и Ту-334.

В состав аэропорта «Якутск» вошли служба наземного штурманского обеспечения полетов и ПКК «Аэроторгсервис», обеспечивающее авиакомпании бортовым питанием. На грузовом складе открыта постоянная зона таможенного контроля. Запущено в эксплуатацию светосигнальное оборудование IDMAN, отвечающее 1-ой категории ИКАО. Разработан и принят фирменный стиль предприятия. Появилась цифровая АТС.

2005 год
Закончена реконструкция ресторана «Лайнер». Запущена реконструкция грузового терминала. Приобретена снего- и пылеуборочная машина «Бошунг Джетбрум». Работниками cлужбы главного механика изобретены антитеррористические устройства принудительной остановки автотранспорта «Барьер Дорожный».

2006 год
Открыт регулярный международный рейс Якутск — Харбин. Закончена модернизация светосигнального оборудования до 2 категории ИКАО. В результате проверок комиссия ЦС ЭСТОП присвоила ССО аэропорта Якутск II категорию ИКАО. Произведен ремонт первой рулежной дорожки, продолжены работы по реконструкции перрона, мест стоянок для воздушных судов. Модернизирована автоматизированная система регистрации пассажиров в рамках подготовки к введению электронного билета. Расширены зоны системы видеонаблюдения для обеспечения безопасности полетов.

Принято решение о строительстве нового пассажирского терминала с пропускной способностью до 900 пассажиров в часть. Установлено досмотровое оборудование «Хомоскан». Создана инженерно-авиационная служба, осуществляющая техническую эксплуатацию авиатехники и подготовку судов к полетам.

2007 год
Аэропорт Якутск получил допуск к приему воздушных судов Боинг 757 и А 319 и их модификаций. Впервые принят самолёт Боинг 747-200, один из крупнейших самолётов в мире. Для проведения испытаний инерциальной системы прибыл грузовой самолет Ил 96-400Т. Введена в строй современная система контроля доступа, система видеонаблюдения в здании аэровокзала. Заключен договор на поставку Единой комплексной системы управления ASNext, решающей задачи производственных служб аэропорта: планирование, учет, контроль и анализ авиатранспортных процессов.

Приобретены перегружатель-паллет FMC Commander 15, буксировщик «Дуглас», перронный автобус, аэродромная пожарная машина и прочая техника. Работниками службы главного механика под руководством Александра Иннокентьевича Жарникова было сконструировано и смонтировано оборудование для нового грузового терминала (4 ленточных транспортера и разгрузочные столы для приемки груза). Проект оказался более рациональным, чем дорогостоящее фабричное оборудование, предлагаемое компанией «РОСЛАС».

Открылся официальный сайт аэропорта — www.airport-yakutsk.ru. Введена в эксплуатацию первая очередь грузового терминала аэропорта «Якутск». Приступили к обслуживанию по электронным билетам.

2008 год
Авиакомпания «Аэрофлот-Карго» начала выполнять регулярные рейсы в аэропорт Якутск на грузовом самолете DC-10-40F. 23 марта состоялся первый рейс по маршруту Москва — Якутск — Хабаровск. Парк спецтехники пополнили автолифты для доставки бортового питания и низкопольные перронные автобусы KG-B6300. В службе спецтранспорта установлен новый эффективный водоочистительный комплекс, который позволяет значительно улучшить качество питьевой воды, поставляемой в самолеты. Открыт музей авиации Якутии. На первом этаже гостиницы «Лайнер» открылся новый суши-бар. 

2009 год
Произвел посадку военно-транспортный самолет канадских ВВС С-130 «Геркулес». Самолет выполнял полет в рамках международного договора «Открытое небо» и следовал по маршруту Брюссель — Москва — Новосибирск — Улан-Удэ — Якутск. Авиакомпания «Сибирь» начала выполнять прямой регулярный рейс Якутск — Москва — Якутск на аэробусе А-310. Состоялось торжественное открытие после реконструкции шестого этажа гостиницы «Лайнер». Сейчас «Лайнер» — это современный отель, располагающий 130 уютными комфортабельными номерами.

2010 год
9 декабря Государственное унитарное предприятие «Аэропорт Якутск» путем реорганизации преобразовано в открытое акционерное общество «Аэропорт Якутск».

2013 — настоящее время

2013 год
15 января 2013 года решением Совета директоров генеральным директором ОАО «Аэропорт Якутск» назначен Местников Николай Афанасьевич.

По итогам 2013 года аэропорт «Якутск» стал победителем конкурса "Лучший аэропорт года стран-участниц СНГ" в номинации"Лучший аэропорт года стран СНГ" среди аэропортов с объемом перевозок до 1 млн. пассажиров.

2 июня авиакомпания «Аэрофлот» начала выполнять регулярные пассажирские рейсы на линии Москва — Якутск — Москва.

В рамках инвестиционной деятельности, за счет собственных средств предприятия приобретена спецтехника и оборудование на 95,4 млн. руб.

2014 год

Весной 2014 г. МЧС РФ вошло в список федеральных ведомств, которым разрешено базирование на ряде гражданских аэродромов, в том числе в аэропорту «Якутск».

16 сентября в аэропорту «Якутск» введен первый в республике автоматизированный паркинг на 200 мест. 8 октября открыт обновленный Цех бортового питания аэропорта «Якутск».

По итогам 2014 года ОАО «Аэропорт Якутск» стало победителем в номинации «Лучший аэропорт года стран – участниц СНГ за 2014 год» конкурса «Лучший аэропорт года стран-участниц СНГ за 2014 год».

2015 год

19 февраля 2015 года открытое акционерное общество «Аэропорт Якутск» изменило наименование на Акционерное общество «Аэропорт Якутск» (сокращенное наименование - АО «Аэропорт Якутск»).

С марта 2015 г. начата реконструкция аэродрома аэропорта «Якутск».

27 мая 2015 года объявлены итоги ежегодного конкурса «Лучший аэропорт года стран-участниц СНГ» Ассоциации «Аэропорт» ГА за 2014 год. Аэропорт «Якутск» победил в номинации «Лучший аэропорт года стран-участниц СНГ» среди аэропортов с объемом пассажиропотока до 1 млн. человек.

31 июля 2015 г. аэропорт «Якутск» принял участников международного проекта «Аляска - Сибирь-2015». Два «Дугласа», специально подготовленных к акции памяти, повторили маршрут перелета по легендарной перегоночной трассе.

В августе 2015 г. аэропорт «Якутск» с рабочим визитом посетила Мария Генделева, руководитель отдела по универсальному дизайну Региональной общественной организации инвалидов «Перспектива» (г. Москва), которая положительно оценила аэропорт «Якутск» как безбарьерную среду.

В День 90-летия гражданской авиации Якутии, 8 октября 2015 г., в аэровокзале аэропорта «Якутск» состоялось торжественное открытие Музея авиации Якутии.

4 декабря гостинично-ресторанный комплекс «Лайнер» АО «Аэропорт Якутск» отметил свой 30-летний юбилей.

28 декабря на Привокзальной площади аэропорта была установлена скульптура «Девочка с собакой», посвященная жизнестойкости и трогательной дружбе Карины Чикитовой и ее четвероногого друга Найды.

2016 год

Распоряжением Президента Российской Федерации от 3 марта 2016 г. за достигнутые трудовые успехи, активную общественную деятельность и многолетнюю добросовестную работу Почетной грамотой Президента Российской Федерации награжден Кочетов Анатолий Петрович – советник Генерального директора по вопросам организации перевозок акционерного общества «Аэропорт Якутск», Республика Саха (Якутия).

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 20 апреля 2016 года №726-р премьер-министр Дмитрий Медведев утвердил перечень аэропортов федерального значения. В перечень включены четыре аэропорта городов федерального значения Москвы и Санкт-Петербурга (в Севастополе аэропорта в настоящее время нет), 57 международных аэропортов административных центров (столиц) субъектов Федерации, 13 аэропортов административных центров (столиц) субъектов Федерации, не имеющих статуса международных, а также 17 международных аэропортов, в том числе аэропорт «Якутск».

24 мая 2016 г. АО «Аэропорт Якутск» удостоен звания лауреата конкурса "Лучший аэропорт года стран СНГ" в номинации «За большой вклад в развитие производства» среди аэропортов с объемом перевозок до 1 млн. пассажиров по итогам работы за 2015 год.

2 июня 2016 г. гостиница «Лайнер» аэропорта «Якутск» получила свидетельство о присвоении категории «Три звезды», а ресторан «Лайнер» подтвердил соответствие международному сертификату безопасности ХАССП.

В конце июня гостиница и ресторан «Лайнер» аэропорта «Якутск» успешно прошли аккредитацию и получили Сертификаты соответствия, дающие им право осуществлять деятельность в период проведения VI Международных Спортивных Игр «Дети Азии». Наличие такого сертификата позволило ресторану «Лайнер» обеспечить питанием волонтеров Игр.

Аэропорт «Якутск» успешно отработал на VI МСИ «Дети Азии», в том числе и как официальный партнер Игр.
Всего рейсов со спортивными делегациями в аэропорт «Якутск» прибыло 154, и среди них – чартеры из Сеула, Улан-Батора, Алматы и Тяньцзинь. Команды из Казахстана и Монголии при этом прилетели на самолетах своих родных авиакомпаний – Sunday Airlines и Mongolian Airlines. В период с 29 июня по 12 июля аэропорт «Якутск» принял свыше 2200 гостей из Дальневосточного, Сибирского, Уральского федеральных округов, из Москвы, а также из 42 зарубежных стран мира.

Летом 2016 г. обновлен фасад гостинично-ресторанного комплекса «Лайнер».

В октябре 2016 г. открыт новый грузовой терминал аэропорта «Якутск».